В результате исследования, проведенного международной группой ученых из Израиля и США, были выявлены новые аспекты эволюционной динамики ретротранспозонов в геноме млекопитающих. Особое внимание было уделено анализу генома голого землекопа, известного своей исключительной продолжительностью жизни среди грызунов.
Исследование, опубликованное в журнале PNAS под редакцией Евгения Кунина, фокусировалось на изучении псевдогенов - неактивных копий генов, образующихся в результате обратной транскрипции. Для идентификации этих геномных элементов был разработан специализированный алгоритм PPG Finder, эффективность которого была подтверждена сравнением с существующими методами анализа.
Сравнительный анализ геномов различных видов млекопитающих, включая мышь, крысу и голого землекопа, выявил значительные различия в активности ретротранспозонов. В частности, было обнаружено, что ретротранспозоны в геноме голого землекопа находятся в неактивном состоянии на протяжении длительного периода времени. Это заключение основано на наблюдении, что псевдогены голого землекопа демонстрируют высокую степень дивергенции от их родительских генов, указывая на их древнее происхождение.
Исследование, опубликованное в журнале PNAS под редакцией Евгения Кунина, фокусировалось на изучении псевдогенов - неактивных копий генов, образующихся в результате обратной транскрипции. Для идентификации этих геномных элементов был разработан специализированный алгоритм PPG Finder, эффективность которого была подтверждена сравнением с существующими методами анализа.
Сравнительный анализ геномов различных видов млекопитающих, включая мышь, крысу и голого землекопа, выявил значительные различия в активности ретротранспозонов. В частности, было обнаружено, что ретротранспозоны в геноме голого землекопа находятся в неактивном состоянии на протяжении длительного периода времени. Это заключение основано на наблюдении, что псевдогены голого землекопа демонстрируют высокую степень дивергенции от их родительских генов, указывая на их древнее происхождение.
Более того, исследование показало, что доля ретротранспозонов в геноме голого землекопа существенно ниже, чем у других млекопитающих: 25% против 40% у человека и 37% у мыши. Авторы связывают это с отсутствием экспансии ретротранспозонов в геноме голого землекопа на протяжении последних нескольких миллионов лет.
Хотя прямая причинно-следственная связь между неактивностью ретротранспозонов и долголетием голого землекопа еще не установлена, результаты исследования предоставляют основу для дальнейшего изучения роли ретротранспозонов в процессах старения. Авторы предполагают, что фармакологический контроль активности ретротранспозонов может стать перспективным направлением в разработке геропротекторных стратегий.
Таким образом, данное исследование не только расширяет наше понимание эволюции геномов млекопитающих, но и открывает новые перспективы в изучении механизмов долголетия и разработке подходов к замедлению процессов старения.
Дата публикации: 30.10.2024
Первоисточник:
Kogan V. et al. The reconstruction of evolutionary dynamics of processed pseudogenes indicates deep silencing of "retrobiome" in naked mole rat. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Nov 5;121(45):e2313581121. doi: 10.1073/pnas.2313581121. Epub 2024 Oct 28. PMID: 39467133; PMCID: PMC11551321. https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2313581121
Хотя прямая причинно-следственная связь между неактивностью ретротранспозонов и долголетием голого землекопа еще не установлена, результаты исследования предоставляют основу для дальнейшего изучения роли ретротранспозонов в процессах старения. Авторы предполагают, что фармакологический контроль активности ретротранспозонов может стать перспективным направлением в разработке геропротекторных стратегий.
Таким образом, данное исследование не только расширяет наше понимание эволюции геномов млекопитающих, но и открывает новые перспективы в изучении механизмов долголетия и разработке подходов к замедлению процессов старения.
Дата публикации: 30.10.2024
Первоисточник:
Kogan V. et al. The reconstruction of evolutionary dynamics of processed pseudogenes indicates deep silencing of "retrobiome" in naked mole rat. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Nov 5;121(45):e2313581121. doi: 10.1073/pnas.2313581121. Epub 2024 Oct 28. PMID: 39467133; PMCID: PMC11551321. https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2313581121